1. 填报重庆市建设项目环境保护申报表，然后交项目所在地环保局审批（属环保部或市环保局审批的项目向市局申报）。
2. 环保局根据《重庆市环境保护条例》等相关环境保护法律法规的规定，在满足政策要求前提下结合项目所在地相关规划出具《重庆市建设项目环境影响评价要求通知书》。
3. 取得《重庆市建设项目环境影响评价要求通知书》之后按照《建设项目环境影响评价分类管理名录》的要求委托具有相应资质的环境影响评价单位编制项目环境影响报告书/表。
4. 将编制好的项目环境影响报告书报送至项目所在地环保局审批，环保局安排环保库专家进行现场评审，评审之后按照专家意见进行修改之后交环保局挂网公示，环境影响报告书公示期为六十日内，环境影响报告为三十日内分别作出审批决定并书面通知建设单位，如审批通过则取得《重庆市建设项目环境影响评价文件批准书》
5. 按照《重庆市建设项目环境影响评价文件批准书》的相关要求在项目设计、建设和运营过程中做好各项生态保护及污染防治措施，并严格按照环保“三同时”制度执行。
备注：“三同时”是指一切新建、改建和扩建的基本建设项目、技术改造项目、自然开发项目，以及可能对环境造成污染和破坏的其他工程建设项目，其中防治污染和其他公害的设施和其他环境保护设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的制度。
6.项目建成后在投产之前办理想环保局提出试生产验收，并办理排污许可证等相关手续。
7.取得排污权，购买排污量
（1）在网上开户
网址：http://222.177.117.34/emissiontradecqout/login.jsp
（2）上传附件：
1) 工商执照复印件、组织机构代码复印件、税务登记等复印件（三证合一的只需工商营业执照复印件）。
2) 法定代表人身份证明书、有效身份证明复印件
3) 账户联系人授权委托书、有效身份证明复印件
4) 企业资料真实性承诺函
5) 排污权登记账户开设申请表
6) 账户缴款收据、排污权登记凭证投递委托书
（3）提交核定材料
1) 排污权核定申请表（电子档和加盖公章的纸质档）
2) 环境监测监测报告
3) 有关环保批准书，环保验收文件
4) 一年的水、电、气、煤报表（加盖公章）
5) 煤质检测报告（不涉煤的企业不需提供）
6) 企业一般工业固废企业处置情况的辅证材料（一般工业固废利用、处置和贮存的界定原则见附件一）。
（4）通过审核
审核时间3到5天，通知后填写排污权核定申请表（用于建设项目试生产许可证）（使用期限为一年），把填好的填写排污权核定申请表（用于建设项目试生产许可证）电子档和纸质档（纸质档盖章）与《重庆市建设项目环境影响评价文件批准书》以及自己编写固废危废说明（盖章）交行政大厅。
（5）环保局收到排污权核定申请表等相关资料后会出具一个《重庆市排污权核定通知书》。
（6）根据《重庆市排污权核定通知书》填写排污权购买申请表。
（7）将完善、盖章的《购买申请表》和《重庆市排污权核定通知书》发送至市联交所邮箱：cqpwqjy@163 。
（8）联交所在3个工作日内出具《项目缴款通知书》，企业根据《项目缴款通知书》缴款到指定账户。缴款后约3个工作日，由环交所邮寄，企业注意查收《非税收入一般缴款书（收据4）和《排污权使用登记证》。联交所电话：63622883，环交所电话：88521382。
8.排污许可证办理（临时）
1) 根据《重庆市建设项目环境影响评价文件批准书》做好的各项生态保护及污染防治措施。
2) 根据《重庆市建设项目环境影响评价文件批准书》做好危废处理工作，购买危险废物转移联单（跟具体资质的签订第三方转移协议）。
3) 根据《重庆市建设项目环境影响评价文件批准书》填写重庆市排放污染物许可证申报表（工业企业类）。
4) 提交重庆市排放污染物许可证申报表（工业企业类）（电子档、纸质档盖章）营业执照、环评批复、危废合同、水电气半年发票或者表格盖章等待排污许可证(临时)的发放，时间为1年。
9.正式排污许可证办理
1) 在临时排污许可证到期前3个月，委托第三方公司，进行竣工验收监测。（监测因子按照环评批文确定，监测频次及要求根据竣工验收监测规范）
2) 取得合格的竣工验收监测报告之后委托专业的环保公司编制项目竣工环境保护验收监测报告，根据重庆市环保局要求废水废气由企业自主验收，噪声和固废由环保局验收。
3) 报告编制完成后由业主组织环评编制单位、污染治理单位、竣工验收监测单位、竣工环境保护验收监测报告编制单位、环保局相关人员召开竣工环境保护验收会议，通过后将报告在环保局相关网站上进行公示，公示结束后取得建设项目环境竣工验收批复（噪声、固废）。
4) 企业自主验收（废水、废气）以及环保局（噪声、固废）验收合格后，按照要求核定排污权并购买排污量，并根据竣工监测验收报告填写重庆市排放污染物许可证申报表（工业企业类）
5) 把竣工验收报告（报批版）、6方签字、营业执照、危废合同、正式买量发票、环评批复、水电气半年发票、厂区平面图、污水雨水走向图、废水废气排放口照片、临时排污许可证复印件等相关资料一起交行政大厅等待正式排污许可证发放（3年）。
注明：以上环保手续流程仅针对一般建设项目，如其他项目有可能会要求企业办理突发环境事件风险评估及应急预案，且各个区县环保局办理流程及要求均不一致，办理请以项目所在地环保局规定为准。